Nadat de verzoekschriften Faunaschade door Dienst Regelingen Dordrecht zijn onvangen zal zij controleren of de aanvraag compleet is ingediend. Zo ja, dan bevestigt Dienst Regelingen u de ontvangst van het verzoekschrift . In de ontvangstbevestiging staat dat u geen maatregelen mag nemen die het vaststellen van de schadeveroorzakende diersoorten en de omvang van de schade onmogelijk maken. De complete aanvraag wordt daarna door het Faunafonds beoordeeld.
Binnen zeven à acht dagen vindt een taxatie plaats. Afhankelijk van het gewas zal - soms eerder, soms later - ook een eindtaxatie gebeuren.
Na de eindtaxatie wordt de schademelding voorgelegd aan het Bestuur van het Faunafonds. Het Faunafonds stelt daarna een beschikking op.
Door het Faunafonds wordt geen vergoeding toegekend als:
de schade is veroorzaakt door:

• konijnen;
• houtduiven;
• een diersoort waarvoor door de provincie een art. 68 ontheffing van de FF-wet is verleend voor afschot van die diersoort (tenzij het  bestuur vindt dat er op adequate wijze gebruik is gemaakt van de ontheffing).
• de schade is veroorzaakt in de nabijheid van een vuilstortplaats of binnen de afpalingskring van een eendenkooi (met uitzondering van schade door trekkende ganzen en smienten);
• de schade is veroorzaakt op gronden met een niet-agrarische bestemming;
• het perceel waarop schade is veroorzaakt wordt gepacht van een natuurterreinbeherende organisatie en de pacht is lager dan € 150 per ha;
• het perceel waarop de schade is aangericht is aangewezen als natuurmonument in het kader van de Natuurbeschermingswet;
• schade is aangericht aan gebouwen, geoogste gewassen, opgeslagen of verpakte voedergewassen, afdekfolie, voer- of vaartuigen;
• de schade is getaxeerd op een bedrag beneden € 250,--.